Hover ist das englische Wort für Mouseover. Gemeint ist der Moment, in dem du mit dem Mauszeiger über ein Element fährst, ohne zu klicken.
Eine Hover-Farbe ist also die Farbe, die ein Element genau in diesem Moment annimmt. Damit machst du sichtbar, dass etwas anklickbar ist.
Wo du das einstellst
Die Farben deiner Navigation legst du in den Projekteinstellungen unter Navigations-Stil fest. Die Farbfelder gibt es dort jeweils in zwei Zuständen:
Normal: die Standardfarbe
Hover: die Farbe beim Überfahren mit der Maus
Das gilt sowohl für die Navigation selbst als auch für die Pfeile, jeweils für Text und Hintergrund.